Położony przy ul. Świętej Trójcy 1 kościół zbudowany został na przełomie XV oraz XVI wieku i jest cennym, późnogotyckim zabytkiem architektury ceglanej. Budynek powstał dzięki staraniom zakonu ojców franciszkanów, którzy użytkowali świątynię, aż do roku 1556, kiedy to w wyniku dominacji luteranizmu w Gdańsku, kościół upadł i przekazano go miastu z zamysłem założenia tutaj szkoły teologicznej. Następnie, aż do 1945 roku, opiekę nad klasztorem sprawowali luteranie (protestanci). Po zakończeniu II Wojny Światowej powrócili tu franciszkanie, którzy użytkują kościół aż do dziś.
Niestety w wyniku działań wojennych w latach 1939-1945 zaginął jeden z najcenniejszych zabytków świątyni – barokowy ołtarz główny. Mimo tego, podziwiać można tu wiele innych zabytków. Należą do nich m.in. drewniane stalle zakonników z lat 1507-1511 z dekoracją roślinną, późnogotycki krucyfiks z roku 1500, ambona z XVII-wiecznymi figurkami Ewangelistów czy liczne dzieła malarskie i rzeźbiarskie. Poza tym, godnymi uwagi jest ponad 170 oryginalnych płyt nagrobnych z lat 1568-1790 oraz epitafia ludzi zasłużonych dla ówczesnego Gdańska. Wartymi zobaczenia są również dwie późnogotyckie szafy ołtarzowe poświęcone Świętej Trójcy i Stygmatyzacji św. Franciszka oraz organy, których powstanie datuje się na lata 1616 – 1618.
Kościół często jest miejscem koncertów, których organizatorem jest Franciszkańskie Centrum Kultury. Więcej informacji o świątyni uzyskać można pod nr tel. 58 320 79 80.