Historia powstania Wielkiego Młyna sięga XIV wieku, kiedy to w 1350 roku na sztucznie usypanej wysepce zwanej Tarczą, wybudowali go Krzyżacy. Młyn, w całości drewniany, napędzany był wodą z Kanału Raduni. W tamtych czasach był to największy zakład przemysłowy w Europie. Napędzany przez 18 kół młyńskich, wysoki i szeroki na 26 metrów, długi na 41 metrów, posiadał także kilkukondygnacyjne poddasze, które spełniało rolę magazynów zboża i mąki. Z początku młynem zarządzali i zyski z niego czerpali Krzyżacy, potem, król Kazimierz Jagiellończyk przekazał go gdańszczanom. Obecnie mieści się on przy ul. Wielkie Młyny 7.
Młyn, obok którego istniała także piekarnia, mielił zboże zarówno dla gdańskich piekarzy, jak i na eksport. Ponadto przerabiał także jęczmień na słód dla zakładów produkujących piwo. Do czasów II Wojny Światowej był w stanie wyprodukować nawet 200 ton mąki dziennie.
Swoją funkcję spełniał aż do roku 1945, kiedy to w wyniku działań wojennych został zburzony. W latach 1962 – 1965 go odbudowano, jednak nie służył już do mielenia ziarna. W 1962, w częściowo już odbudowanym młynie, zaprezentowana została wystawa z okazji 1000-lecia Państwa Polskiego pt. „Polska na morzu 1945-1962”, na której pokazano różne modele statków, zaprezentowano rozwój przemysłu stoczniowego, żeglugi morskiej oraz portu w Gdańsku. Następnie odbywały się tutaj targi przemysłowe (odzieżowe, obuwnicze) oraz zaopatrzeniowe (m.in. dla przemysłu stoczniowego) czy też urządzono…wystawę róż. Później w młynie zorganizowano dyskotekę, działały tu Pewex i salon gier, aż w końcu przekształcono go w centrum handlowe. Ostatecznie, w roku 2016, Wielki Młyn przekazany został przez władze Gdańska Muzeum Bursztynu.