Dwunawowy kościół św. Jakuba położony jest w najwyższym punkcie starej części dzielnicy Oliwa, przy zbiegu ulic Opackiej oraz Cystersów. Należy do parafii św. Brygidy archidiecezji gdańskiej i jest budynkiem stosunkowo niewielkim, gdyż liczy 28 m. długości, 10 m. szerokości i 12 m. wysokości.
Jego powstanie datuje się na rok 1415, kiedy to marynarze gdańscy zbudowali tutaj kaplicę i szpital ku czci swojego patrona, św. Jakuba. W latach 1432-1437 kaplica została rozbudowana i przemieniona w kościół. Nieco ponad 100 lat później, w roku 1556, kościół został przejęty przez protestantów. W latach późniejszych budynek przestał pełnić funkcje sakralne. Na początku XIX wieku, w czasie wypraw napoleońskich, stał się obozem dla jeńców pruskich i rosyjskich, a kilkadziesiąt lat później, w roku 1817, został przebudowany na miejską bibliotekę i szkołę nawigacyjną. Mieściła się tu także Gdańska Izba Rzemieślnicza.
Podczas II Wojny Światowej budynek nie został zbyt poważnie uszkodzony i w 1946 roku przejęli go oo. kapucyni, którzy opiekują się nim po dzień dzisiejszy. Dokonali oni tutaj niezbędnych remontów oraz ulepszeń. M.in. w latach 1952 – 1960 wybudowali ambonę i ołtarze boczne, a okna wzbogacili o witraż św. Jakuba. Natomiast w roku 2011 uruchomili iluminację kościoła.
Zwiedzając świątynię warto przede wszystkim zwrócić uwagę na oryginalną więźbę dachową wykonaną z modrzewia, która pochodzi z XVII wieku. Ponadto, wzrok przyciąga rokokowa ambona, konfesjonał i ozdobiony złoceniami ołtarz.
W 2011 roku w kościele otwarty został oddział Muzeum Archeologicznego Miasta Gdańska, który na wystawie stałej prezentuje ekspozycję znaków pielgrzymów.
W dni powszednie świątynię zwiedzać można w godz. 8:30 – 17:30, a w niedziele od 12:30 do 18:30.