Zlokalizowany przy ul. Długie Ogrody 19 kościół wybudowany został w stylu późnego gotyku i jest kościołem parafialnym dla gdańskiego Śródmieścia. Świątynia ma 36 m. długości, 18 m. szerokości i 10 m. wysokości. Jest to budowla prosta, jednonawowa, wykonana z cegły, z orientacją wschodnią.
Początki powstania kościoła sięgają roku 1387, kiedy to przy Długich Ogrodach powstał szpital dla zakaźnie chorych, a przy nim wybudowano kaplice pod wezwaniem św. Barbary. W wieku XV kaplica została rozbudowana i decyzją biskupa kujawskiego stała się kościołem parafialnym. W latach późniejszych budynek wielokrotnie trawiły pożary, jednak za każdym razem był on odbudowywany. W 1557 roku świątynia przeszła pod opiekę protestantów, którzy sprawowali pieczę nad nią aż do roku 1945.
Podczas II Wojny Światowej kościół został prawie doszczętnie zniszczony. Zawaliły się wtedy ściany szczytowe, dachy oraz organy. Ponad 10 lat po zakończeniu wojny, w roku 1956, rozpoczęto odbudowę kościoła, który trzy lata później, w 1959 roku przejęty został przez katolików, którzy opiekują się nim aż do dziś.